应、武二人被捕后，公共租界会审公堂进行了预审。出人意料的是，4月4日的第二次预审中，武士英当庭翻供说他不认识应夔丞，刺宋是他一个人的主意，因为宋教仁想做总理、想推翻中央政府，是四万万同胞的罪人。自称卖字画为生的王阿法作证，此前经由朋友吴乃文介绍，他去过应夔丞家卖画。应拿出一张照片问他能否谋害上面的人，事成之后酬谢一千大洋。他不敢答应，去找做保镖的朋友***员邓文斌，邓答应后又反悔。两人的谈话被邓的

雇主张秀泉听到，报告了***，随后邓陪王到公共租界巡捕房去报案。

但应夔丞始终不承认与刺宋案有关。他说他的确见过王阿法，不过当时王是拿着吴乃文的介绍信来求职的。至于买凶“我就发疯亦不能（对他）说。我共进会人很多，何必找此种人”。他说他也不认识武士英，把他收留在家中是因为武自称杀了宋教仁，他想稳住武，找机会处置，并推想主使者或是暗杀党，或是反对党，或是党内反对宋的人。

会审公堂的7次预审，没有审出什么眉目来。之后，刺宋案被移交给中国方面。江苏都督程德全、民政长应德闳会同上海检查厅厅长陈英等，对从应家搜集到的证据（包括手枪一支、子弹两颗、密电码3本、函电证据7包、一大木箱、皮箱一个、皮包一个）进行检查，对所有重要证据共同盖印并拍摄照片。4月25日深夜，程、应通电公布了部分证据。国务院秘书洪述祖的名字浮出了水面。

洪述祖，字荫之，1855年生，是清代著名学者洪亮吉的玄孙。据当时媒体报道，此人善于钻营，自诩为纵横家，在刘铭传、岑春煊手下做过事，屡次因犯事（***受贿、伪造地契、盗卖矿山等）被革职甚至坐牢。辛亥革命时，他曾劝唐绍仪同袁世凯商议，提出一方面挟北方势力与南方接洽；一方面借南方势力以胁制北方，最终将帝国改造为民国的方案。后来他向人吹嘘说清帝逊位诏书是他草拟的。

南北统一后，洪述祖任内务部秘书，顶头上司是内务总长赵秉钧。后来唐绍仪、陆征祥两届总理免职，赵改任总理，洪仍呆在内务部。1912年9月，洪以中央特派员身份到上海等地对会党力量进行调查，事先托人给应夔丞写了封介绍信。两人同是青帮“大”字辈大佬，又有中间人介绍，一见如故。当时因为参与湖北兵变，应正被副总统兼湖北都督黎元洪通缉，洪述祖往来奔走，为应争取到特赦及江苏驻沪巡查长职务，要他出力解散扰乱治安的会党徒众，并陪同应和共进会副会长张尧卿等人入京，期间应受到赵秉钧和袁世凯接见。

程德全、应德闳公布的证据中，洪、应往来函电极多，但起先谈的都是解散会党以及国会欢迎团等事。2月1日，洪突然在信中说“大题目总以做一篇激烈文章方有价值也”，并叮嘱应阅信后烧毁，应却没有照办。第二天，洪追加一信，称“要紧文章已略露一句，说必有激烈举动，吾弟须于题前径密电老赵，索一数目”。同日，应以专用密码给赵秉钧发去密电，第一次提到宋教仁，称，“孙黄黎宋运动极烈，黎外均获华侨资助，民党皆主举宋任总理。已向日本购孙黄宋劣史，黄兴下女合像，警厅供抄，宋犯骗案刑事提票，用照片辑印十万册，拟从横滨发行。”